Muzeum Piernika to tak zwane Żywe Muzeum, w którym doświadcza się osobiście. To muzeum narracyjne, w którym każdy odwiedzający bierze udział w interaktywnym pokazie. Goście dosłownie przenoszą się w czasie do średniowiecznego Torunia a przy zwiedzaniu używają wszystkich zmysłów – od węchu po dotyk. Żaden eksponat nie jest zamknięty w szklanej gablocie – jest dostępny na wyciągnięcie ręki.

Oprócz przeprowadzania interaktywnych pokazów wypieku piernika Muzeum Piernika gromadzi, opracowuje naukowo i eksponuje przedmioty oraz dokumenty związane z produkcją i dystrybucją pierników. 

Ponadto muzeum gromadzi księgozbiór dotyczący historii piekarstwa, piernikarstwa i miasta Torunia.Na I piętrze muzeum zrekonstruowane zostały wnętrza wczesnonowożytnej piernikarni. Ozdobą ekspozycji jest kopia tzw. „die Teigbreche”, czyli ręcznej ubijaczki ciasta na pierniki. Każdy z gości może uruchomić też zabytkowe żarno i sam zemleć trochę mąki. Ściany piernikarni zdobi kilkadziesiąt drewnianych form piernikarskich z XVIII i XIX wieku.

Sercem ekspozycji na II piętrze muzeum jest zabytkowy piec z 1903 roku niemieckiej firmy Schmidt & Soehne. Został on przeniesiony z lubuskiego  Międzyrzecza i wiernie zrekonstruowany. Linię produkcyjną dopełniają mieszarka z ok. 1905 roku z fabryki L. G.  Eberhardta i równie wiekowa dzielarka z zakładów Otto Neckera. Wszystkie urządzenia działają i umożliwiają produkcję pierników.

Oprócz wszystkiego, co związane jest z wytwarzaniem pierników, gromadzimy też wszelkie pamiątki dotyczące sprzedaży toruńskiego smakołyka. Muzeum posiada bogatą kolekcję piernikarskich opakowań, reklam i pocztówek, zarówno tych z Torunia, jak i z innych zakątków Europy. Część z nich, przede wszystkim puszki i skrzynki na pierniki, eksponowana jest w przestrzeni II piętra.

Chlubą Muzeum jest unikalna kolekcja woskowych form piernikarskich z początku oraz 2. ćwierci XX wieku. Eksponowana na II piętrze Muzeum, jest największym tego typu zbiorem w Europie.

Źródło